Instalado numa área de 100 mil m², o complexo contempla o hospital, o prédio da radioterapia, medicina nuclear e imagem, o Centro de Reabilitação Lucy Montoro, o Instituto de Pediatria Ronald McDonald, a Central de Captação de Recursos e o serviço de apoio social à Casa da Criança e da Família, com 30 chalés, criado em parceria com o Instituto Ingo Hoffmann, totalizando 30 mil m² de área construída.

Integram fisicamente esta estrutura o serviço de suporte ao transporte de pacientes, a Estação Boldrini, e o serviço de suporte às pesquisas e o Instituto de Pesquisa Domingos Boldrini (Ipeb), totalizando 30 mil m² de área construída. A proximidade com a Universidade Estadual de Campinas (Unicamp) auxilia no desenvolvimento científico e tecnológico, transformando o Boldrini em um dos maiores centros de pesquisa do Brasil e da América Latina na área de onco-hematologia pediátrica.